O Conselho da Faculdade de Medicina é o órgão máximo deliberativo e recursal no âmbito da Unidade. É constituído pelo Diretor e Vice-diretor, coordenadores dos cursos de graduação e pós-graduação stricto sensu, coordenadores de área, representantes dos servidores técnicos administrativos em educação e representantes dos estudantes de graduação e pós-graduação.
Composição atual:
| Representação | Titular | Suplente |
| Direção | Cláudio Moss da Silva | --- |
| Vice-Direção | Simone de Menezes Karam | --- |
| Coordenação do Curso de Medicina | Fabio Almeida Morais | Anderson Souza Silva Peres |
| Coordenação do Curso de Farmácia | Ivy Bastos Ramis de Souza | Luciana Farias da Costa de Avila |
| Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde | Mirelle de Oliveira Saes | Daniela Fernandes Ramos Soares |
| Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Saúde Pública | Christian Loret de Mola Zanatti | Michael Pereira da Silva |
| Área Interdisciplinar de Ciências Biomédicas | Fabiane Aguiar dos Santos Gatti | Meline Oliveira dos Santos Morais |
| Área de Clínica Médica | Juceli Márcia Hendges Sparvoli | Vera Regina Lopes da Silva |
| Área Ginecologia e Obstetrícia | Ari Gonçalves Lima | Carla Vitola Gonçalves |
| Área de Cirurgia | Sandra Crippa Brandão | Tarso Pereira Teixeira |
| Área de Atenção Primária à Saúde | Sandro Schreiber de Oliveira | Tarso Pereira Teixeira |
| Área de População & Saúde | Rodrigo Dalke Meucci | Samuel Carvalho Dumith |
| Área de Pediatria | Marilice Magroski Gomes da Costa | ---- |
| Técnicos Administrativos em Educação | Cláudia Inês Pacheco Hernandez | Josiane dos Santos Farias |
| Técnicos Administrativos em Educação | Sibele Schaun | Ana Paula Rivaroli |
| Discente da Graduação | Cassio Pons Coelho | Giovana Carla Pereira |
| Discente da Pós-Graduação | Mariana Quaresma de Souza | Natália Popiorek dos Santos |
PARTICIPANTES EXTRA - CONSELHO
| Representação | Titular | Suplente |
| Administrador da FAMED | Guilherme Silva dos Santos | --- |
| Coordenador da Residência Médica | Guilherme Brandão | --- |
| Superintendente do Hospital Universitário Dr. Miguel Riet Corrêa Jr. | Fabio de Aguiar Lopes | --- |
| Representante do CIP Saúde | Gustavo Ritcher Vaz | Vanusa Pousada da Hora |
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