O Conselho da Faculdade de Medicina é o órgão máximo deliberativo e recursal no âmbito da Unidade. É constituído pelo Diretor e Vice-diretor, coordenadores dos cursos de graduação e pós-graduação stricto sensu, coordenadores de área, representantes dos servidores técnicos administrativos em educação e representantes dos estudantes de graduação e pós-graduação.
Composição atual:
| Representação | Titular | Suplente |
| Direção | Cláudio Moss da Silva | --- |
| Vice-Direção | Hsu Yuan Ting | --- |
| Coordenação do Curso de Medicina | Fabiane Aguiar dos Anjos Gatti | Leonardo Alves |
| Coordenação do Curso de Farmácia | Luciana Farias da Costa de Ávila | Pedro Eduardo Almeida da Silva |
| Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Ciências da Saúde | Flávio Manoel Rodrigues da Silva Júnior | Ivy Bastos Ramis de Souza |
| Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Saúde Pública | Rodrigo Dalke Meucci | Christian Loret de Mola Zanatti |
| Área Interdisciplinar de Ciências Biomédicas | Vanusa Pousada da Hora | Vanice Rodrigues Poester |
| Área de Clínica Médica | Juceli Márcia Hendges Sparvoli | Vera Regina Lopes da Silva |
| Área Ginecologia e Obstetrícia | Ari Gonçalves Lima | Carla Vitola Gonçalves |
| Área de Cirurgia | Andréa Fogaça Soubhia | Filipe Geannichini Rodrigues |
| Área de Atenção Primária à Saúde | Sandro Schreiber de Oliveira | --- |
| Área de População & Saúde | Samuel de Carvalho Dumith | Michael Pereira da Silva |
| Área de Pediatria | Linjie Zhang | Simone de Menezes Karam |
| Técnicos Administrativos em Educação | Josiane dos Santos Farias | Claudia Ines Pacheco Hernandez |
| Técnicos Administrativos em Educação | Nicolle Barnes da Silveira | Sibele Schaun |
| Discente da Graduação | Vicente Gabriel Wink Mattos | Mariana Manfredi |
| Discente da Pós-Graduação | Dienefer Venske Bierhals | Yasmin Castillos de Ibrahim das Neves |
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