A reforma do Estatuto da Universidade em 2008 alterou também a estrutura existente. A atual Faculdade de Medicina formou-se a partir do Curso de Medicina como núcleo, abrangendo quatro dos antigos Departamentos (Cirurgia, Medicina Interna, Patologia e Materno-Infantil), alguns docentes de outros Departamentos (Ciências Morfo-Biológicas, Fisiologia), a Comissão de Curso de Medicina, a Comissão de Residência Médica e as Coordenações da Especialização em Agentes Infecto-Parasitários e Mestrado em Ciências da Saúde.